Sonderprüfungen stellen eine besondere Form der Unternehmensprüfung dar, die außerhalb der regelmäßig stattfindenden Jahresabschlussprüfung durchgeführt wird. Sie kommen immer dann zum Einsatz, wenn außergewöhnliche Ereignisse, konkrete Auffälligkeiten oder ein erhöhtes Informationsbedürfnis bestehen. Anders als routinemäßige Prüfungen beschränken sich Sonderprüfungen auf einen genau festgelegten Untersuchungsgegenstand und verfolgen das Ziel, komplexe oder strittige Sachverhalte transparent und nachvollziehbar darzustellen. Dabei sollen mögliche Risiken erkannt, rechtliche Vorgaben überprüft und offene Fragen geklärt werden, die unternehmensintern nicht ausreichend beantwortet werden konnten. Die Durchführung kann sowohl auf einer gesetzlichen Verpflichtung beruhen als auch freiwillig erfolgen. 

Rechtlich vorgeschriebene Sonderprüfungen ergeben sich insbesondere aus handels- und gesellschaftsrechtlichen Regelungen, wie sie etwa im Aktiengesetz verankert sind. Sie sind häufig im Zusammenhang mit strukturellen Veränderungen eines Unternehmens erforderlich. Dazu zählen unter anderem Unternehmensgründungen, insbesondere die Gründung einer Aktiengesellschaft, Kapitalerhöhungen, Umwandlungen, Verschmelzungen, Spaltungen oder auch die Auflösung eines Unternehmens. In diesen Situationen dient die Sonderprüfung dazu, die ordnungsgemäße Bewertung von Vermögensgegenständen sicherzustellen, formale Anforderungen zu überprüfen und die Interessen von Anteilseignern sowie Gläubigern zu wahren. Auch im Bereich der Corporate Governance spielen Sonderprüfungen eine wichtige Rolle, etwa wenn der Verdacht besteht, dass Mitglieder des Vorstands oder Aufsichtsrats gegen ihre gesetzlichen oder vertraglichen Pflichten verstoßen haben. 

Ein weiterer Anlass für die Durchführung einer Sonderprüfung kann von den Anteilseignern selbst ausgehen. Unter bestimmten Voraussetzungen haben insbesondere Minderheitsaktionäre das Recht, eine solche Prüfung zu beantragen, sofern sie begründete Hinweise auf Unregelmäßigkeiten oder Pflichtverletzungen vorbringen können. In vielen Fällen entscheidet ein Gericht über die Zulässigkeit und Anordnung der Prüfung. Darüber hinaus können staatliche Institutionen Sonderprüfungen veranlassen. Finanzbehörden nutzen dieses Instrument beispielsweise zur Klärung steuerlicher Sachverhalte, während Aufsichtsbehörden im Finanz- oder Versicherungssektor Sonderprüfungen einsetzen, um die Stabilität, Ordnungsmäßigkeit und Gesetzestreue der beaufsichtigten Unternehmen zu überprüfen. 

Neben den gesetzlich vorgeschriebenen Fällen gewinnen freiwillige Sonderprüfungen zunehmend an Bedeutung. Unternehmen greifen darauf zurück, wenn interne Kontrollmechanismen nicht ausreichen, um Unstimmigkeiten, auffällige Geschäftsvorfälle oder widersprüchliche Zahlen zu erklären. Ebenso werden Sonderprüfungen häufig eingesetzt, um gegenüber Banken, Investoren oder Geschäftspartnern Vertrauen aufzubauen und die eigene Transparenz zu erhöhen. In solchen Fällen dienen sie als objektive Entscheidungsgrundlage und stärken die Glaubwürdigkeit des Unternehmens nach außen. 

Ein zentrales Merkmal von Sonderprüfungen ist ihre Unabhängigkeit. Die Durchführung erfolgt in der Regel durch externe Wirtschaftsprüfer oder andere spezialisierte Fachleute, die nicht in das Tagesgeschäft des Unternehmens eingebunden sind. Der Prüfungsumfang wird vorab klar definiert, kann jedoch aufgrund der inhaltlichen Tiefe und Komplexität erheblichen Zeit- und Arbeitsaufwand erfordern. Die Ergebnisse werden abschließend in einem ausführlichen Prüfungsbericht festgehalten, der die gewonnenen Erkenntnisse und gegebenenfalls Handlungsempfehlungen enthält. Die entstehenden Kosten trägt üblicherweise das geprüfte Unternehmen selbst. 

Thematisch sind Sonderprüfungen sehr vielfältig. Sie reichen von der Überprüfung von Sacheinlagen bei Unternehmensgründungen über die Analyse von Unternehmensverträgen bis hin zur Aufklärung von Betrugs- oder Korruptionsfällen. Auch Prüfungen auf Grundlage spezieller gesetzlicher Regelungen, etwa im Energie- oder Umweltbereich, zählen dazu. Insgesamt sind Sonderprüfungen ein zentrales Instrument zur Sicherstellung von Transparenz, Rechtssicherheit und Vertrauen in unternehmerische Entscheidungen und Strukturen.